В данной работе представлены все виды двухсолитонных решений нелинейного уравнения синус-Гордон, имитирующего вращательные колебания оснований ДНК. Для разных видов однородных полинуклеотидных цепочек рассчитаны энергия, масса, импульс и размер конформационных возмущений, соответствующих этим решениям. Для двухсолитонного решения в виде бризера посчитаны также частоты и периоды.
С использованием MNDO-PM3 конформационных расчетов рассмотрена задача о стабильности пропеллеро-подобных форм Н-связывания уотсон-криковских пар в условиях «стэкинга» в структуре коротких двойных спиралей олигонуклеотидов.
Установление определяющих физических факторов зависимости вторичной структуры двухспиральных полинуклеотидов от первичной последовательности остается одной из ключевых проблем структурно-функциональной организации молекул ДНК. Крайне актуальным является теоретическое исследование влияния особенностей электронного строения компонентов нуклеиновых кислот на энергетику их ковалентного и водородного связывания.
В данном исследовании рассматриваются результаты дальнейшего теоретического развития модели нетривиального, некопланарного механизма Н-спаривания азотистых оснований в структуре нуклеиновых кислот. Решается задача о возможности идентификации и классификации разнообразных форм спаривания оснований по их термодинамическим характеристикам.