Гибридизация олигонуклеотидных зондов с мишенями на поверхности биочипов описана в рамках модели равновесной адсорбции. Рассмотрена энергетическая изотерма гибридизации (ЭИГ) – зависимость интенсивности флуоресценции ячейки биочипа от энергии гибридизации соответствующего зонда и мишени. Показано, что варьирование отношения концентраций зондов и мишеней сдвигает точку перегиба S-образного графика ЭИГ как вдоль оси энергий гибридизации, так и вдоль оси интенсивности флуоресценции ячейки. Это позволяет объяснить особенности поведения кривых ЭИГ, наблюдаемые в экспериментах на биочипах.
Ключевым моментом при количественном анализе электрофоретических гелей высокого разрешения, содержащих большое количество полос, является учет позиционного эффекта – зависимости интенсивности полосы от её положения на геле. Оценки зависимости относительных частот разрывов межнуклеотидных связей от типа нуклеотидов, получаемые при анализе картин расщепления фрагментов молекул ДНК под влиянием ультразвука или действия химических факторов, производились при помощи двух методов: а) линейно скользящего среднего; б) описания функции позиционной зависимости как полинома третьей степени. Оценки относительных частот разрывов межнуклеотидных связей для разных нуклеотидов приводят к сходным результатам вне зависимости от выбора конкретного метода для учета позиционного эффекта