Познавательная литература, книги для детей и подро
Специализация (ключевые слова)
молекулярная биофизика, статистическая термодинамика, взаимодействие лигандов с ДНК и РНК, изотермы адсорбции, математическое моделирование, физика нуклеиновых кислот, философия языка, литературоведение, языкознание, поэзия, познавательная литература
Область прикладного применения результатов научных исследований
медицина
биотехнология
Избранные публикации
1. Нечипуренко Ю.Д., Заседателев А.С., Гурский Г.В. Теория одномерной адсорбции на гомополимере. Учет различных ориентаций молекул лиганда. Биофизика, 1979, 24, 351-361.
2. Нечипуренко Ю.Д. Термодинамические параметры, характеризующие взаимодействие между молекулами лиганда, адсорбированными на полимере. Биофизика 1982, 27, 391-398.
3. Нечипуренко Ю.Д., Заседателев А.С., Гурский Г.В. Кооперативные взаимодействия при связывании протяженных лигандов с ДНК. 1 Неконтактные кооперативные взаимодействия. Молекулярная биология 1984, 18, 798 - 812.
4. Нечипуренко Ю. Д. Кооперативные взаимодействия при связывании протяженных лигандов с ДНК. П. Контактные кооперативные взаимодействия между адсорбированными лигандами. Молекулярная биология 1984, 18, 1066 - 1079.
4. Нечипуренко Ю.Д., Крылов А.С., Заседателев А.С., Гурский Г.В. Взаимодействия между аналогами антибиотика Дистамицина А, адсорбированными на ДНК. Молекулярная биология 1984, 18, 332 - 342.
5. Нечипуренко Ю.Д. Связывание малых молекул с нуклеиновыми кислотами, имеющими третичную структуру. Биофизика 1985, 30, 231-232.
6. Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Анализ связывания белков и антибиотиков с фрагментами ДНК. Доклады Академии Наук СССР, 1985, 281, 213-216.
7. Нечипуренко Ю.Д., Волькенштейн М.В., Анализ расположения нуклеосом на сателлитной ДНК. Доклады Академии Наук СССР, 1986, 286, 216-220.
8. Nechipurenko Yu.D., Gursky G.V. Cooperative effects on binding of proteins to DNA. Bioph. Chem. 1986, 24, P.195-209.
9. Нечипуренко Ю.Д. Антикооперативные взаимодействия между ближайшими соседними хроматосомами. Биофизика 1988, Т.33, С.580-583.
10. Сприжицкий Ю.А., Нечипуренко Ю.Д., Александров А.А., Волькенштейн М.В. Закономерности сблоченности нуклеотидов в кодирующих и некодирующих последовательностях ДНК из различных организмов. Молекулярная биология 1988, Т.22, С.338-356.
11. Чуриков Н.А., Чернов Б.К. Голова Ю.Б., Нечипуренко Ю.Д. Параллельные ДНК - возможность существования. Доклады Академии Наук СССР, 1988, 303, 1254-1258.
12. Sprizhitsky Yu.A., Nechipurenko Yu.D., Alexandrov A.A., Volkenstein M.V. Statistical analysis of nucleotide runs in coding and noncoding DNA sequences. J. Biomol. Struct. and Dynam. 1988, 6, 345-358.
13. Tchurikov N.A., Chernov B.K., Golova Yu.B., Nechipurenko Yu.D. Parallel DNA: generation of a duplex between two Drosophila sequences in vitro. FEBS Lett. 1989. Vol.257, P.415-418.
14. Йованович Б., Нечипуренко Ю. Д. Анализ распределения лигандов, адсорбированных на фрагментах ДНК. Молекулярная биология, 1990, 24, 478-486.
15. Чуриков Н.А., Нечипуренко Ю.Д. Параллельные комплиментарные последовательности в природной ДНК: гипотеза параллельного биосинтеза. Доклады Академии Наук СССР, 1991, 318, 1233-1238.
16. Jing-de Zhu, Min-qian Li, Liu-zhong Xiu, Jiu-qing Zhu, Ju Hu, Min-ming Gu, Yao-liang Xu, Lan-ping Zhang, Ze-qi Huang, B.K. Chernov, Yu.D. Nechipurenko and N.A. Tchurikov Parallel srtanded DNA under the scanning tunnelling microscope. BBA. 1992. Vol.1115, P.239-242.
17. Нечипуренко Ю.Д., Попов Н.В., Исаев М.А., Шабалина С.А., Матвеева О.В. Модель множественных контактов, описывающая взаимодействие сайтов рРНК с мРНК. Биофизика, 1995, 40, 1208-1213.
18. Стрельцов С.А., Нечипуренко Ю.Д. Определение константы димеризации дансилгидразидатривалина в растворе. Биоорганическая химия 1999, 25, 584-590.
19. Нечипуренко Ю.Д., Стрельцов С.А., Михейкин А.Л. Новая физическая интерпретация S-образных кривых: конкуренция между разными типами связывания лиганда с ДНК. Биофизика, 2000, Т.45, С.1044-1048.
20. Nechipurenko Yu.D., Mikheikin A.L., Streltsov S.A., Zasedatelev A. S., and I.R. Nabiev I.R. Mixed mode of ligand-DNA binding results in S-shaped binding curves. Journal of Biomol. Structure & Dynamics 2001 V.18, P. 703-708.
21. Нечипуренко Ю.Д., Захаров М.А., Салянов В.И. и Евдокимов Ю.М. «Мостиковые» структуры между молекулами нуклеиновых кислот, фиксированными в структуре жидкого кристалла. Биофизика. 2002. Т. 47. С. 600-606.
22. Евдокимов Ю.М., Салянов В.И., Нечипуренко Ю.Д., Скуридин С.Г., Захаров М.А., Спенер Ф., Палумбо М. Молекулярные конструкции (суперструктуры) на основе двухцепочечных нуклеиновых кислот. Молекулярная биология, 2003, Т.37, С. 340-355.
23. Нечипуренко Ю.Д., Рябоконь В.Ф., Семенов С.В., Евдокимов Ю.М. Термодинамические модели, описывающие образование «мостиков» между молекулами нуклеиновых кислот в жидких кристаллах. Биофизика, 2003, Т. 48, С. 635-643.
24. Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Термодинамические модели связывания лигандов с ДНК. Биофизика, 2003, Т.48, С.773-796.
25. Нечипуренко Ю.Д., Вольф А.М., Евдокимов Ю.М. Функция распределения, описывающая связывание протяженных лигандов с молекулами ДНК. Возможное применение для случая конденсации ДНК. Биофизика, 2003, Т.48, С.802-811.
26. Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Статистические флуктуации в процессах регуляции экспрессии генов: рассмотрение с точки зрения статистической механики. Биофизика, 2003, Т.48, С.986-997.
27. Streltsov S.A., Oleinikov V., Ermishov M., Mochalov K., Sukhanova A., Nechipurenko Yu.D., Grokhovsky S., Zhuze A., Pluot M., Nabiev I. Interaction of clinically important human DNA Topoisomerase I poison, Topotecan, with double-stranded DNA. Biopolymers (Biospectroscopy), 2003, V.72, P.442-454.
28. Riabokon V.F., Nechipurenko Yu.D., Semenov S.V., Yevdokimov Yu.M. Model describing the formation of “bridges” between nucleic acids in liquid-crystalline dispersions. J. Biomol. Struct. Dynam. 2003, V. 20, P. 886.
29. Рябоконь В.Ф., Нечипуренко Ю.Д., Семенов С.В., Евдокимов Ю.М. «Мостики» между молекулами нуклеиновых кислот в жидких кристаллах. Описание с точки зрения теории адсорбции. Жидкие кристаллы и их практическое использование, 2003, вып. 48, С. 69-78.
30. Нечипуренко Ю.Д., Вольф А.М., Салянов В.И. и Евдокимов Ю.М. Равновесная адсорбция лигандов на ДНК (на примере хитозана). ЖЭТФ, 2004, Т. 125, С. 103-111.
31. Никифоров В.В., Кузнецов В.Д., Нечипуренко Ю.Д., Салянов В.И., Евдокимов Ю.М. Магнитные свойства меди в составе наномостиков, образованных между фиксированными в пространстве молекулами ДНК Письма в ЖЭТФ, Т.81, С.327-329.
32. Захаров М.А., Соколовская Л.Г., Нечипуренко Ю.Д., Лорткипанидзе Г.В., Евдокимов Ю.М. Формирование наноструктур на основании двухцепочечной ДНК. Биофизика Т.50, С. 824-832.
33. Nechipurenko YD, Jovanovic B, Riabokon VF, Gursky GV. Quantitative methods of analysis of footprinting diagrams for the complexes formed by a ligand with a DNA fragment of known sequence. Ann N Y Acad Sci. 2005 V.1048 P. 206-214.
34. Yevdokimov YM, Skuridin SG, Nechipurenko YD, Zakharov MA, Salyanov VI, Kurnosov AA, Kuznetsov VD, Nikiforov VN. Nanoconstructions based on double-stranded nucleic acids. Int J Biol Macromol. 2005 V.36 P.103-115.
35. Нечипуренко Ю.Д., Полозов Р.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Воробьев Е.А., Гроховский С.Л. и Гурский Г.В. Математические модели регуляции экспрессии генов: механические возмущения структуры ДНК.
Математика. Компьютер. Образование: Сб. научных трудов. Том.2 / Под ред. Г.Ю.Ризниченко. - М.-Ижевск: НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика". 2006. С. 392-402.
36. Воробьев Е.А, Нечипуренко Ю.Д., Салянов В.И и Евдокимов Ю.М. Описание связывания хитозана с ДНК при разных ионных силах в рамках теории ионной конденсации и теории адсорбции. Биофизика 2007 Т. 52 С. 636-642.
37. Nechipurenko Yu.D., Nechipurenko D.Yu., Polozov R.V., Grokhovsky S.L., Gursky G.V. DNA-based nanostructures: changes of Mechanical properties of DNA upon ligand binding. In collection: Nanomaterials for Application in Medicine and Biology (NATO Workshop in Bonn). Springer 2008, p. 59-67.
38. Нечипуренко Ю.Д. Статистическая термодинамика связывания лигандов с ДНК. Российский химический журнал (Ж. Росс. Хим. Общества им. Д.И.Менделеева) 2007. Т. 51, С. 23-30.
39. Matveeva Olga, Nechipurenko Yury, Rossi Leo, Moore Barry, Saetrom Pal, Ogurtsov Aleksey Y., Atkins John F. and Shabalina Svetlana A. Comparison of approaches for rational siRNA design leading to a new efficient and transparent method. NAR, 2007. v. 35, #8
http://nar.oxfordjournals.org/content/35/8/e63.full.
40. Гроховский С.Л., Ильичева И.А., Нечипуренко Д.Ю., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Нечипуренко Ю.Д. Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука. Биофизика, 2008, Т.53, С. 417-425.
41. Lando D., Nechipurenko Yu. Distribution of unselectively bound ligands along DNA. J of Biomolecular structure and dynamics, 2008, V. 26, P. 187 – 196.
42. Нечипуренко Ю.Д., Головкин М.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Характерные особенности расщепления ДНК ультразвуком. Журнал структурной химии, 2009, Т. 50, С.1040-1047.
43. Головкин М.В., Матвеева О.В., Нечипуренко Ю.Д. Математическое моделирование связывания лигандов на биочипах при биологических и медицинских исследованиях. Математика. Компьютер. Образование: Сб. научных трудов. Том. 2 / Под ред. Г.Ю.Ризниченко. - М.-Ижевск: НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика", 2009. С. 158-168.
44. Головкин М.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Нечипуренко Ю.Д. Математические методы анализа электрофоретических картин расщепления ДНК. Компьютерные исследования и моделирование, 2009, Т.1, №3, С. 287–295.
45. Головкин М.В., Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Статистические флуктуации в уровне заполнения репрессором оператора определяют величину экспрессии репортерного гена. Биофизика, 2009, т. 54, С. 581-588.
46. Головкин М.В., Матвеева О.В., Нечипуренко Ю.Д. Свойства изотерм гибридизации при связывании лигандов на биочипах. Биофизика, 2009, т. 54, С. 820-823.
47. И. А. Ильичева, Л. А. Панченко, Д. Ю. Нечипуренко, М. В. Головкин, Ю. Д. Нечипуренко, Р. В. Полозов, С. Л. Гроховский. Позиционные эффекты и эффекты последовательности при ультразвуковом расщеплении ДНК. Обозрение прикладной и промышленной математики, 2009, 16, вып.4, 660-661.
48. Yu.D. Nechipurenko, M. V. Golovkin, D. Yu. Nechipurenko, I. A. Il’icheva, L. A. Panchenko, R. V. Polozov, and S. L. Grokhovskii. Characteristics of ultrasonic cleavage of DNA. Journal of Structural Chemistry, 2010, Vol. 50, No. 5, pp. 1007-1013.
49. Нечипуренко Ю.Д., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Головкин М.В., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Конформационно-динамические свойства ДНК и подходы к физическому картированию генома. Журнал «Компьютерные исследования и моделирование», 2010, том. 2, №4, С. 419-428.
50. Olga V. Matveeva, Yibin Kang, Alexey N. Spiridonov, Pa°lSætrom, Vladimir A. Nemtsov, Aleksey Y. Ogurtsov, Yury D. Nechipurenko, Svetlana A. Shabalina Optimization of Duplex Stabilityand Terminal Asymmetry for shRNA Design PLoSONE, 2010, 5(4): e10180.
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0010180
51. Sergei L. Grokhovsky, Irina A. Il’icheva, Dmitry Yu. Nechipurenko, Michail V. Golovkin, Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov and Yury D. Nechipurenko Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA Biophysical Journal, 2011, Vol.100, N1, P.117-125.
http://www.cell.com/biophysj/fulltext/S0006-3495%2810%2901440-2
52. Н.Н. Втюpина, C.Л. Гpоxовcкий, И.В. Филимонов, О.И. Медведков, Д.Ю. Нечипуpенко, C.А. Ваcильев, Ю.Д. Нечипуpенко. Pаcщепление фpагментов днк наноcекундным лазеpом c длиной волны 193 нм. Биофизика, 2011,Т. 56, С. 410–414.
53. Ходыков М.В., Анашкина А.А., Головкин М.В., Матвеева О.В., Нечипуренко Ю.Д., Анализ связывания лигандов с ДНК в растворе и на микрочипах. Биофизика, 2011, Т. 56, 1053–1061.
54. Втюрина Н.Н., Гроховский С.Л., Васильев А.Б., Титов И.И., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Пельтек С.Е., Нечипуренко Ю.Д., Колчанов Н.А. "Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм". ДАН, 2012, Т.447, №2, 217-222.
55. Sergei Grokhovsky, IrinaIl’icheva, Dmitry Nechipurenko, Michail Golovkin, Georgy Taranov, Larisa Panchenko, Robert Polozov and YuryNechipurenko. Quantitative Analysis of Electrophoresis Data - Application to Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA, Gel Electrophoresis - Principles and Basics, Dr. Sameh Magdeldin (Ed.), ISBN: 978-953-51-0458-2, InTech. 2012.
http://yuniko.ru/images/LOGOS/pdf/bioph_rew_nechip_2014.pdf
56. Ильичева И.А., Попцова М.C.,Нечипуренко Д.Ю.,Панченко Л.А.,Полозов Р.В.,Нечипуренко Ю.Д.,Гроховский С.Л. Неслучайное распределение нуклеотидов на концах фрагментов, составляющих библиотеки геномного секвенирования. Обозрение прикладной и промышленной математики, 2013, Т. 20, С. 176-177.
57. Гроховский С.Л.,Ильичева И.А.,Панченко Л.А.,Головкин М.В.,Нечипуренко Д.Ю.,Полозов Р.В.,Нечипуренко Ю.Д. Ультразвуковое расщепление ДНК в комплексах с катионами Ag(I), Cu(II), Hg(II) Биофизика, 2013, Т. 58, С. 36-46.
58. Стирманов Я.В., Ходыков М.В., Матвеева О.В., Нечипуpенко Ю.Д. Анализ связывания олигонуклеотидов на микрочипах: энергетические изотермы гибридизации Биофизика, 2013, 58, С.981-986
59.Анализ связывание лигандов с нуклеиновыми кислотами. Ю.Д.Нечипуренко, Биофизика, 2014, Т.59, С.12-36.
60. Poptsova M.S., Il'icheva I.A., Nechipurenko D.Y., Panchenko L.A., Khodikov M.V., Oparina N.Y., Polozov R.V., Nechipurenko Y.D., Grokhovsky S.L. Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Sci Rep., 2014,Mar 31;4:4532.
62. Grokhovsky S.L., Il’icheva I.A., Nechipurenko D.Yu., Golovkin M.V., Panchenko L.A., Polozov R.V. and Nechipurenko Yu.D. «Mechanochemical Cleavage of DNA by Ultrasound» in "Advances in Engineering Research", Volume 8. pp. 213-236. (Editor: Victoria M. Petrova). "Nova Science Publishers". ISSN: 2163-3932. ISBN: 978-1-63321-282-4, 2014.
62. Д.Ю. Нечипуpенко, И.А. Ильичева, М.В. Xодыков, М.C. Попцова, Ю.Д. Нечипуpенко, C.Л. Гpоxовcкий. Моделиpование меxаноxимичеcкого pаcщепления ДНК под дейcтвием ультpазвука. Биофизика, 2014, Т. 59, С. 1061-1070.
Книги
Ю.Д. Нечипуренко. Анализ связывания биологически активных соединений с нуклеиновыми кислотами. Ижевск, ИКИ, 2015, Твердый переплет. 188 с. ISBN 978-5-4344-0295-8 http://shop.rcd.ru/catalog/385/18492/
Егор Егоров, Юрий Нечипоренко. Живой дом. М., Арт Волхонка, 2018.
Нечипуренко Юрий Дмитриевич