В работе, исходя из результатов полуэмпирических квантово-химических и молекулярно-динамических расчетов, выдвигается идея о том, что для запуска спирализации олигопептидной цепи чрезвычайно важно наличие в ее структуре аспарагиновой или глутаминовой кислоты. Показано: как с образованием первого витка альфа-спирали может организовываться спиральная форма различных аминокислотных последовательностей. Анализируются термодинамические характеристики интермедиатов такого процесса.
В работе на базе неэмпирических MP2 и РМ3 полуэмпирических квантово-химических расчетов обсуждается важная роль бистабильности непланарного фрагмента O=C-N-H в организации формы простейших амидов и дипептидов L–аминокислот. Показано влияние природы бокового радикала на характер структурного полиморфизма пептидной группы.
В работе исходя из результатов полуэмпирических квантово-химических расчетов выделяются общие структурные и термодинамические особенности низкоэнергетических ротамеров монопептидов L-аминокислот, определяющие начало организации полипептидных цепочек в α- или β-подобные формы.
В работе на базе полуэмпирических квантово-химических расчетов анализируется организация формы нейтральных аминокислот и их цвиттер-ионов, а также коротких пептидов в изолированном состоянии и в водном окружении. Особое внимание уделяется рассмотрению роли структурных и термодинамических факторов в определении предпочтительных изомерных форм аминокислот, обусловливающих спиральную организацию одиночных цепочек олигопептидов.